1382年，出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛祥就是这样被活活打死的。朱元璋派出大量名为“检校”的特务人员，暗中监视。有一次，学士宋濂上朝，朱元璋问宋濂昨天在家喝酒没有，请了哪些客人，宋濂一一照实回答。朱元璋听后满意地说：“果未骗朕。”
但是到了晚年朱元璋逐步废除了锦衣卫及其特权，以及一些比较残酷的刑法。
二、地方改革
在地方废除行省制，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
朱元璋出身贫苦，受贪官污吏的敲诈勒索，又鉴于胡元的政治混乱，以猛治国。所以，登基后在全国掀起了“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。
对贪污六十两银子以上的官员明朝官服格杀勿论。从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部中，由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣。他们有恃无恐贪赃枉法。朱元璋对这些官员进行惩处。
朱元璋利用残酷刑法处置贪官，采取“剥皮揎草”、挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。“剥皮揎草”刑法，就是把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰，将其放在处死贪官后任的公堂桌座旁边，以警示继任之官员不要重蹈覆辙，否则，这个“臭皮统”就是他的下场。这种举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
朱元璋制定整肃贪污的纲领——《大诰》和《醒贪简要录》。《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
允许民间百姓上访。明朝允许百姓扭送不法官吏。如果官吏在征收税粮以及摊派差役作弊曲法，百姓可以向上级官吏举报，也可以直接扭送。对于封建时代而言，完全打破了一贯“只许州官放火不许百姓点灯”的惯例。赋予百姓直接查送官吏的权力，是中国几千年法治史中破天荒的政治创举。
朱元璋在午门外特设“鸣冤鼓”，民间百姓若有冤情在地方讨不回公道，可上京击鼓直接告御状。
朱元璋当政31年，先后发起6次大规模肃贪，杀掉贪官污吏15万人。
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